A Igreja Adventista do Sétimo Dia está organizada em quatro níveis fundamentais: |1| A igreja local, que reúne crentes individuais em uma congregação; |2| Associação ou Missão local, que agrupa as igrejas em um determinado estado ou província; |3| União, que reúne as Associações e Missões; |4| Associação Geral, "a maior unidade da organização, que abrange todas as Uniões em todas as partes do mundo. As Divisões são seções da Associação Geral, com responsabilidade administrativa a elas atribuídas em determinadas áreas geográficas" (Manual da Igreja, pág. 26). A Missão Paulista do Vale do Paraíba encontra-se no segundo nível referido. Sua liderança é escolhida por uma Assembléia formada de representantes das igrejas. As denominações religiosas, de forma geral, podem ter quatro espécies de governo eclesiástico: episcopal, papal, independente e representativa. A forma representativa é a que prevalece entre os adventistas. Escolhidos pelos representantes das congregações, os líderes são investidos, durante quatro anos, da responsabilidade de conduzir o programa eclesiástico em diferentes departamentos.